Лаборатория за молекулярно-генетична диагностика

Наличната техническа база осигурява възможност за работа с различни типове биологичен материал и за разширяване на портфолиото с нови, подходящо подбрани анализи. Обхватът на всяко изследване зависи от използвания тест, допустимата проба и установените му работни характеристики.

Прецизна онкология

Онкологични биомаркери и течна биопсия

Туморната тъкан и плазмата са различни възможни източници на материал; изборът зависи от теста и клиничния случай.

KRAS, NRAS и BRAF

Лабораторията извършва изследвания за определени мутации в гените KRAS, NRAS и BRAF. Резултатите разкриват молекулярни особености на тумора, които могат да бъдат важни при избора на терапевтичен подход.

При метастатичен колоректален карцином например резултатите за KRAS и NRAS участват в преценката за приложимостта на определени терапии, насочени към рецептора за епидермален растежен фактор (EGFR). Изследването на BRAF може да има терапевтично и прогностично значение, като интерпретацията зависи от конкретната мутация и вида на тумора.

При работа с туморна тъкан значение имат качеството на материала и оценката на туморното съдържание. Резултатът се разглежда заедно с хистологичната диагноза и останалите клинични данни. Таргетният PCR анализ открива вариантите, включени в конкретния тест; той не представлява пълно секвениране на гените.

Течна биопсия — анализ на циркулираща туморна ДНК

Лабораторията разполага с възможност за анализ на определени онкологични биомаркери и чрез течна биопсия. От венозна кръв се отделя плазма и се изследва свободно циркулираща ДНК. Част от нея може да произхожда от туморни клетки — циркулираща туморна ДНК (ctDNA).

Течната биопсия може да допълни молекулярната характеристика на заболяването, включително когато тъканният материал е недостатъчен или трудно достъпен. Възможността за повторно вземане на кръв е предимство при клинично обосновано проследяване, но приложението зависи от заболяването, конкретния тест и неговата чувствителност.

Как се тълкува резултатът

Течната биопсия не е универсален кръвен тест за ранно откриване на всички видове рак и не заменя автоматично тъканната биопсия. Отрицателният резултат не изключва мутация в тумора, включително когато количеството ctDNA в пробата е недостатъчно.

Урогенитални инфекции и репродуктивно здраве

Молекулярна оценка на урогениталната микробиота

Панелните ДНК изследвания предоставят информация за включени микроорганизми и техните количества — в контекста на оплакванията, лекарския преглед и останалите изследвания.

Схематични микробни профили. Изобразените съотношения и графики не са реални лабораторни резултати.

Femoflor Screen — вагинална микробиота

Femoflor Screen е панелно молекулярно изследване за оценка на определени компоненти на микробната общност във влагалището. Чрез качествен и количествен анализ се изследват представители на нормалната микрофлора, условно патогенни микроорганизми и включени в панела причинители на полово предавани инфекции.

Изследването предоставя информация за съотношението между защитната лактобацилна флора и други микроорганизми. Това подпомага оценката на дисбиозни състояния и уточняването на инфекциозни причини за оплаквания като течение, дискомфорт или рецидивиращи вагинални симптоми. Резултатът се интерпретира от акушер-гинеколог съобразно симптомите, прегледа и останалите изследвания. [6]

Androflor Screen — мъжки урогенитален тракт

Androflor Screen е панелен ДНК анализ за определени микроорганизми в мъжкия урогенитален тракт. Изследването включва оценка на общото бактериално количество, представители на микробиотата, условно патогенни микроорганизми и избрани причинители на полово предавани инфекции.

То може да подпомогне уролога или андролога при изясняване на инфекциозно-възпалителни процеси и при оценка на репродуктивни проблеми, когато има клинични показания. Не заменя спермограмата или цялостната оценка на мъжкия фертилитет.

Как се тълкува резултатът?

И двата анализа са целеви панели, а не изчерпателно изследване на всички микроорганизми. Наличието на условно патогенен микроорганизъм не означава непременно заболяване и не е автоматично основание за антибиотично лечение.

HPV диагностика

Откриване, генотипиране и количествена оценка на HPV
Лабораторията предлага два различни по обхват и начин на отчитане анализа за човешки папиломен вирус: HPV QUANT-15 и HPV QUANT-21.

Двата панела се различават по обхват и диференциране на генотиповете.

При положителен резултат за обща група не се определя кой точно от включените в нея генотипове е установен.

HPV QUANT-21 - 21 генотипа

Разширеният панел позволява диференцирано откриване и количествена оценка на 21 генотипа: 6, 11, 44, 16, 18, 26, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 53, 56, 58, 59, 66, 68, 73 и 82. Той включва типове с различен онкогенен риск и различна клинична значимост.

Какво показва вирусният товар?

Двата QUANT теста позволяват количествена оценка на HPV ДНК, включително нормализиране спрямо количеството човешка ДНК в пробата. Така се отчита и идентифицира наличието на епителни клетки в материала, а не само наличието на вирусна ДНК. Това е изчислена молекулярна оценка, не директно преброяване на вируси във всяка отделна клетка.
Как се тълкува резултатът
Положителният HPV тест не е диагноза рак. Вирусният товар сам по себе си не определя лечението или риска от предраково изменение. Оценяват се генотипът, персистирането на инфекцията и цитологичните, колпоскопските или хистологичните находки според случая.
В зависимост от методиката и показанията могат да се изследват цервикален/епителен материал, еякулат, простатна течност, урина или биопсичен материал. Подходящата проба се уточнява предварително; материалите не са взаимозаменяеми за всички клинични цели.

Генетични варианти и хемостаза

Генетични изследвания, свързани с кръвосъсирването
Thrombophilia Susceptibility е панел за осем варианта в гени, свързани с кръвосъсирването, тромбоцитната функция и разграждането на съсиреците.

Генетичният резултат се разглежда в контекста на хемостазата и индивидуалните рискови фактори.

Различни варианти — различна клинична значимост

Клиничното значение на тези варианти не е еднакво. Factor V Leiden и протромбиновият вариант 20210 G>A са утвърдени наследствени рискови фактори за венозна тромбоза. За други често включвани маркери, например PAI-1, доказателствата не подкрепят равностойно използване при клиничната оценка на тромбофилия.
Как се тълкува резултатът
Изследването се назначава по лекарска преценка и се интерпретира с личната и фамилната анамнеза. То не диагностицира съществуващ тромб, не изключва всички наследствени или придобити тромбофилии и не е самостоятелно основание за започване на антикоагулантна терапия.

Генетични варианти и метаболизъм

Фолатен метаболизъм
Панелът Folate Metabolism изследва четири чести генетични варианта в гени, кодиращи ензими, участващи във фолатния и свързания с него метаболизъм.

Опростена концептуална схема. Не са показани всички реакции във фолатния и метиониновия цикъл.

Каква информация предоставя анализът?
ДНК изследването установява носителство на посочените варианти. Резултатът се разглежда в контекста на конкретния клиничен въпрос, а не като самостоятелна диагноза. Наличието на тези чести полиморфизми не доказва само по себе си заболяване, дефицит на фолат или причина за репродуктивно усложнение.

Генетичен резултат и биохимична оценка

Генотипът не заменя изследванията на фолат, витамин B12 и хомоцистеин, когато те са показани. Преценката за допълнителни изследвания или прием на добавки се прави от лекар според цялостната клинична картина.

Как се тълкува резултатът
MTHFR генотипирането не се препоръчва като рутинен тест за тромбофилия. Установен MTHFR вариант не означава, че организмът не може да използва фолиева киселина, и не налага автоматична промяна на стандартната профилактика.

Молекулярна диагностика в гастроентерологията

Чревни инфекции и антибиотична резистентност

Gastroenteritis — 24 диагностични мишени
Панелът изследва ДНК и/или РНК на включени причинители на стомашно-чревни инфекции и определени токсиногенни гени. Това е анализ на инфекциозни микроорганизми, а не цялостно изследване на чревния микробиом.

Панел за вируси, бактерии, токсинни гени и протозойни паразити

Вируси: Sapovirus GI/GII/GIV/GV, Adenovirus, Astrovirus, Norovirus GI/GII и Rotavirus A.

Бактерии: Plesiomonas shigelloides, Salmonella spp., Campylobacter spp., Vibrio parahaemolyticus, Vibrio cholerae, Vibrio vulnificus, Shigella / ентероинвазивни E. coli (EIEC), ентероагрегативни E. coli (EAEC), Shiga-токсин продуциращи E. coli (STEC), ентеропатогенни E. coli (EPEC), ентеротоксигенни E. coli (ETEC) и Yersinia enterocolitica.

Токсин-свързани мишени: гени за токсини A, B и бинарен токсин A/B на Clostridioides difficile.

Протозойни паразити: Giardia lamblia, Entamoeba histolytica, Cryptosporidium spp. и Cyclospora cayetanensis. [15]
Изследва се фекална проба, събрана по указанията на лабораторията, без замърсяване . Откриването на генетичен материал се съпоставя със симптомите; доказването на токсинни гени не е директно измерване на отделен токсин.

Helicobacter pylori и маркери за резистентност

Лабораторията извършва молекулярно-генетично доказване на Helicobacter pylori и определени генетични промени, свързани с резистентност към кларитромицин и флуорохинолони. Информацията подпомага гастроентеролога при избора на терапия, включително след неуспешно предходно лечение. [16]

Доказване на бактерията и изследване на включените механизми на резистентност.
Анализът не е пълна антибиограма. Отрицателният резултат за изследваните мутации не изключва всички възможни механизми на резистентност или причини за терапевтичен неуспех.

Генетични изследвания в гастроентерологията

Лактозна непоносимост и предразположеност към цьолиакия
Генетична предразположеност към първична лактозна непоносимост

ДНК изследването оценява варианти, свързани с намаляване на продукцията на лактаза след детската възраст. Лактазата е ензимът, необходим за разграждането на млечната захар – лактоза. [17]

Лактазата разгражда лактозата. Генетичният тест оценява предразположеност, а не измерва директно ензимната активност.

Как се тълкува резултатът?
Тестът не доказва самостоятелно, че конкретните симптоми се дължат на лактоза, и не изключва вторична лактазна недостатъчност вследствие на друго чревно заболяване. Не е изследване за алергия към белтъците на кравето мляко.

HLA изследване при съмнение за цьолиакия

Генетичният анализ изследва HLA варианти/комбинации, асоциирани с предразположеност към цьолиакия, според обхвата на използвания панел. Най-важни в диагностичната оценка са HLA-DQ2 и HLA-DQ8.

HLA резултатът е част от диагностичната оценка, а не самостоятелно потвърждение на цьолиакия.
Положителният резултат показва предразположеност, не потвърдена цьолиакия. Липсата на съответните предразполагащи HLA варианти прави заболяването много малко вероятно. Изследването може да бъде полезно при неясни или противоречиви резултати от други методи.
Диагнозата се поставя чрез съчетаване на клиничните данни, специфичните антитела и при необходимост биопсично изследване. Генетичният резултат сам по себе си не е основание за започване на безглутенова диета.

Допълващи изследвания и информация за пациентите

Имунологична диагностика и клинична интерпретация

QuantiFERON-TB Gold Plus — туберкулозна инфекция
QuantiFERON-TB Gold Plus е кръвен имунологичен тест от групата IGRA. Той измерва освобождаването на интерферон-гама след стимулиране на имунните клетки със специфични туберкулозни антигени. Това не е PCR или ДНК тест.

Измерва се имунен отговор към антигени, а не наличие на бактериална ДНК.
Тестът се използва при оценка за инфекция с Mycobacterium tuberculosis complex, включително латентна туберкулозна инфекция. За разлика от пробата Манту, не се повлиява от предходна БЦЖ ваксинация.

Как се тълкува резултатът?
Тестът не различава самостоятелно латентна инфекция от активно заболяване. Положителният резултат изисква допълнителна оценка; отрицателният не изключва активна туберкулоза при клинично съмнение. Неопределен резултат може да наложи повторно или друго изследване.

Качество на анализа и отговорна интерпретация
За надеждността на резултата са важни всички етапи — пробовземане и транспорт, обработка, качество на изолираната ДНК/РНК, аналитични контроли и интерпретация в рамките на използвания метод. В историята на лабораторната дейност е документиран вътрешен и външен контрол на качеството.

Правилният материал, аналитичните контроли и клиничният контекст са части от един диагностичен процес.

Преди изследването
Видът на пробата, подготовката и срокът за резултат зависят от избрания анализ. Уточнете изискванията с лабораторията или лекуващия лекар преди пробовземане. Не прекъсвайте назначено лечение самостоятелно с цел подготовка за тест.

Молекулярно-генетичния резултат е част от медицинското решение. Най-голямата му стойност е в правилния избор на изследване и съвместната оценка от лабораторията и лекуващия специалист.
 
IVDR и документи за съответствие
Цялото налично обурудване и абсолютно всички китове за ДНК анализ притежават сертификатът за инвитро диагностика (IVDR) е официален документ, който доказва че медицинското изделие за инвитро диагностика (IVD) отговаря на Регламент (ЕС) 2017/74 на Европейския съюз за инвитро диагностика.